Edificata nel 1379 al di fuori delle mura cittadine, un anno successivo alla realizzazione del convento dei Frati Minori, la struttura originaria era di dimensioni ridotte, con un orientamento diverso e si estendeva nell’area dell’odierno transetto. Nel 1447, la chiesa fu oggetto di un primo ampliamento, seguito da un’intensa fase di rinnovamento tra il 1465 e il 1470, che comportò una ricostruzione totale e una variazione dell’asse. Il campanile fu ultimato nel 1475, dopo che la sua costruzione era iniziata nel 1448. Le cappelle furono ristrutturate nell’anno 1836.

Nel 1847, per consentire l’espansione di via San Francesco, si procedette alla demolizione della cappella dell’Immacolata Concezione, progettata da Donato Bramante nel 1494. Tra il 1847 e il 1856, un intervento di “restauro” modificò l’interno in chiave neogotica, con la costruzione di nuove volte al posto delle capriate a vista e l’innalzamento del tetto, a seguito dell’elevazione di un metro del pavimento fino al livello della strada.

L’architetto Moretti, tra il 1891 e il 1903, restaurò la facciata nello stile gotico lombardo originale, elevandola per allinearsi alla nuova altezza del tetto. In questa fase furono rimossi gli ingressi laterali aggiunti nel Settecento, allungate le finestre gotiche e rifinito il finestrone centrale, ingrandito rispetto a quello originale del Quattrocento. La facciata fu inoltre arricchita con nuovi pinnacoli.

Nel 1931 furono restaurati anche i lati dell’edificio, riportando la facciata del transetto alla sua forma precedente. Lungo via San Francesco, oltre il portale sul lato destro, si trova un ossario di epoca barocca denominato “chiesetta dei morti”.